In der Nacht vom 01. Juli 2002 kollidierten über Überlingen zwei Flugzeuge (ein russisches und ein deutsches). Der Unfall forderte 71 Todesopfer, davon 49 Kinder.
Grund für die Kollision war, dass beide Flugzeuge dieselbe Flughöhe hatten, was zunächst nicht auffiel. Das Sicherungssystem meldete den Kollisionsalarm, daraufhin wies der Fluglotse die russische Maschine an, zu sinken. Das System der deutschen Maschine wies ebenfalls an, zu sinken. So waren beide Maschinen wieder auf demselben Kurs und konnten der Kollision nicht mehr ausweichen.
Bei der Flugunfalluntersuchung wurden strukturelle Fehler und menschliches Versagen festgestellt. Vor allem beim privaten Flugsicherungs-Betreiber Skyguide. Laut den Vorschriften hätten zwei Fluglotsen am Platz sitzen müssen, einer machte jedoch gerade Pause. Dadurch war der zuständige Lotse abgelenkt und überfordert. Auch die Telefonanlage funktionierte wegen Wartungsarbeiten nicht, weshalb der Lotse niemanden erreichen konnte. Außerdem wurden akustische Warnungen überhört. Der Lotse und das System gaben der russischen Maschine widersprüchliche Angaben, weshalb die Besatzung sich an die Anweisung des Lotsen hielt.
Bei Ermittlungen gegen Skyguide wurden vier leitende Angestellte wegen fahrlässiger Tötung zu Bewährungsstrafen verurteilt.
Die Internationale Zivilluftfahrtorganisation gab am 01. Oktober 2002 eine neue Richtlinie heraus: seither ist das System mit seinen Anweisungen entscheidend und steht über der Anweisung des Lotsen. Warntöne des Kollisionswarners sind jetzt standardmäßig lauter, damit es nicht mehr überhört werden kann. Das Telefonsystem muss immer funktionieren - bei Wartungen muss jetzt erst ein Ersatz installiert werden.
2004 wurde der beim Unglück dienstleitende Fluglotse Peter Nielsen von einem Russen, dessen Frau und Kinder beim Absturz getötet wurden, erstochen . Der Täter wurde zu 5 Jahren und 3 Monaten Haft verurteilt.
Der Rumpf und die meisten Todesopfer wurden im Überlinger Stadtteil Brachenreuthe gefunden. Zu sehen ist die Skulptur "die zerrissene Perlenkette" von Andrea Zaumseil. Das Denkmal soll an die Opfer erinnern und drückt das Mitgefühl der vom Unglück verschonten Menschen der Region aus. Außerdem wurden neben dem Denkmal 71 Eschen und Birken für die 71 Opfer gepflanzt.